雾灵山自然保护区共区划出三个区域：核心区、缓冲区、实验区。

1、核心区， 面积4136.8公顷，占总面积的28.9%。属天然林区，主要植被有阔叶林、针叶林、针阔混交林、草甸，是保护植物分布较集中的区域，是被保护动物的重要栖息地。

2、缓冲区，面积2545.4公顷，占总面积的17.8%。以天然阔叶林为主，分布少量人工林。

3、实验区， 面积7628.0公顷，占总面积的53.3%。以天然阔叶林为主，大部分人工油松、落叶松林分布在该区。